Das Wappen der Gemeinde Trogen beinhaltet drei Teile:
Der Löwe ist das Symbol der ehemaligen Vögte von Waida.
Das Schild stellt das Familienwappen der Freiherren von Feilitzsch dar,
und die drei Zinnen stehen für die drei Rittersitze Wasserburg, Trogen-Zech und Oberes Gut.